Varios grupos de microbios, incluidos los hongos micorrízicos, los hongos descomponedores, las bacterias fijadoras de N y los patógenos, son importantes para el funcionamiento de los ecosistemas no construidos y probablemente tengan implicaciones para el diseño y el mantenimiento de los techos verdes. Estos grupos funcionales interactúan con ciertos taxones de plantas y propiedades del suelo de formas complejas. Las comunidades de bacterias y hongos son diferentes en los techos verdes con vegetación mixta (flores silvestres, pastos y suculentas) que en los techos verdes de un solo género (Sedum). Hay una mayor proporción de hongos micorrízicos en los techos de vegetación mixta. Los techos de Sedum tienen una mayor carga de patógenos.

Las comunidades de hongos de los techos verdes tienen una composición distinta a la de los parques de la ciudad, y solo el 54 por ciento de los taxones microbianos de los techos verdes se encontraron en los suelos de los parques. A lo largo de los techos verdes de la ciudad, las comunidades de hongos están agrupadas geográficamente, lo que indica que los factores locales como las variaciones edáficas, los patrones de viento y la dispersión de los parques cercanos pueden haber dado forma a los conjuntos de hongos .